Znajući koliki utjecaj vjerske institucije imaju na narod u Bosni i Hercegovini, austrougarske vlasti su već u prvim godinama svoje vladavine nastojale staviti pod svoju kontrolu sve vjerske i crkvene zajednice u BiH, što im je uglavnom i uspjevalo.
Katolička crkva
Tako je Austro-Ugarska već 1881. godine potpisala Konkordat s Vatikanom o uvođenju svjetovne katoličke hijerarhije u BiH. Njime su franjevci, koje austrijske vlasti nisu smatrale pouzdanim političkim elementom, izgubili položaje koje su stoljećima držali u Bosni i Hercegovini kao čuvari katolicizma i morali su se podrediti novoj hijerarhiji.
Nova austrougarska vlast je svim sredstvima učvrstila svoju vlast u Bosni i Hercegovini, računajući pritom na značajan utjecaj katoličkog svećenstva među katoličkim stanovništvom. Stoga je 2. veljače 1882. iz Carske kancelarije u Beču upućena zahvalnica biskupu fra.
Godine 1881. u Bosni i Hercegovini uspostavljena je redovita crkvena organizacija, kao i u drugim europskim zemljama. Josip Stadler imenovan vrhbosanskim nadbiskupom.
Ukinuta su oba apostolska vikarijata: Bosanski i Hercegovački, kao i misionarski oblici djelovanja, a umjesto njih uspostavljene su tri biskupije: Vrhbosanska nadbiskupija sa sjedištem u Sarajevu te Banjalučka i Mostarska biskupija. Stadlerovim dolaskom za nadbiskupa pokreću se novine “Vrhbosna” i “Hrvatski dnevnik”. Nadbiskup je podupirao rad brojnih karitativnih ustanova, među kojima su i sirotišta, te je sagradio biskupski dvor i katedralu u Sarajevu.
Islamska zajednica
Sve do dolaska Austro-Ugarske u Bosnu i Hercegovinu 1878. godine nije bilo govora o pravnom položaju ili organizaciji posebne ustanove koja bi se brinula o vjerskim pitanjima muslimana. Do tada je Bosna i Hercegovina bila u okviru Osmanskog carstva, u kojem se organizacijsko jedinstvo muslimana ogledalo u pridržavanju islamskih propisa, a to jedinstvo muslimana simboliziralo je instituciju halife kao duhovnog stožera muslimana. Vjerske poslove u ime halife obavljali su dekretirani muftije, šerijatski suci, muderi i imami.
U osmanskom razdoblju vjerski stalež smatran je dijelom državne uprave, kojem su povjeravani različiti poslovi u upravi, lokalnoj upravi i vjerskim poslovima. Sudske poslove i suđenja obavljali su šerijatski suci koji su bili dio vladajućeg aparata i bili su plaćeni od države. Također, imamsko-hatibski poslovi, posebno džuma-namaz, zatim obrazovni sistem, poput vjerskih škola (medresa), bili su dio brige državne uprave.
Dolaskom Austro-Ugarske u Bosnu i Hercegovinu raspadaju se stoljećima uspostavljeni oblici organiziranja vjerskih poslova, a islam više nije državna vjera koju podržava država, kao što je to bio slučaj za vrijeme osmanske uprave. Također, ulema i vjersko osoblje gube ulogu i značaj koji su imali u državi i suočavaju se s novim, do tada nepoznatim pitanjima i problemima. Austro-Ugarska sustavno pokušava potpuno odvojiti muslimane u Bosni i Hercegovini od Istanbula kao njihove duhovne matice.
U početnom razdoblju šejhu-l-islam u Istanbulu, kao vrhovni vjerski autoritet u Osmanskom Carstvu, odbio je dati suglasnost za osnivanje samostalne Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini, koja bi preuzela svu odgovornost za organizaciju vjerski život, osnivanje potrebnih organa i ustanova, imenovanje i izbor poglavara, vjerskih službenika i sve druge poslove.
Međutim, 1882. godine šejhu-l-islam imenuje muftiju sarajevskog Mustafu Hilmi ef. Hadžiomerovića bosanskim muftijom i ujedno ga ovlastio da postavlja niže vjerske službenike i šerijatske suce. Zbog toga je Austro-Ugarska imenovala Mustafu Hilmi ef. Hadžiomerovića za bosanskog muftiju i proglasio ga prvim reisu-l-ulemom u Bosni i Hercegovini. Stoga se ova godina uzima kao godina utemeljenja samostalne Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini. Istovremeno su imenovana četiri člana Ulema-medžlisa (današnji Rijaset) kao vrhovno tijelo za vjerska pitanja, a osnovana je i Zemaljska vakufska komisija koja je bila nadležna za vakufske i mearifske poslove muslimana u Bosni i Hercegovini. .
Uz izdavanje menšure reisu-l-ulemi Hilmi ef. Hadžiomerovića s ovlastima vrhovnog muftije bosanskog smatra se prijenos stvarnog legitimiteta i ovlasti po pitanjima cjelokupne organizacije vjerskih pitanja i poslova na bosanskog reisu-l-ulemu, koji je izvršio šejhu-l. -Islam u Istanbulu kao vrhovni vjerski autoritet, čime je nastavljen duhovni kontinuitet uređenja vjerskih poslova reisu-l-uleme i izabranih predstavnika u Bosni i Hercegovini.
Menšura je ovlaštenje reisu-l-uleme za vršenje vjerskih dužnosti i pravo davanja ovlaštenja drugim osobama. Do 1930. godine menzure su se izdavale u Istanbulu, a od 1930. godine menzure su se, na osnovu Ustava Islamske zajednice, izdavale u Bosni i Hercegovini.
SPC
Nakon niza diplomatskih aktivnosti, 28. ožujka 1880. godine sklopljena je Konvencija s Carigradskom patrijaršijom o uređenju odnosa Pravoslavne crkve u Sarajevu.
Uz Eparhiju dabrobosansku, u sastav Carigradske patrijaršije ušle su Eparhija Zvornička, Zahumsko-hercegovačka, a kasnije i Eparhija Banjalučko-bihaćka.
Pravoslavna crkva u BiH dobila je i svoju nacionalnu jerarhiju (grčke mitropolite zamijenili su srpski velikodostojnici), a grčki mitropolit Antim je odstupio. Zamijenio ga je Sava Kosanović, koji je bio mitropolit dabrobosanski od 1881. do 1885. godine.
Pravo imenovanja biskupa pripadao je austrougarskom caru uz formalnu suglasnost carigradskog patrijarha, kojemu je od države zajamčeno 58.000 groša godišnje na ime crkvenih prihoda u Bosni i Hercegovini.
Od tada su mitropoliti primali plaću od Zemaljske vlade, čime su izgubili pravo ubiranja crkvenih poreza, koje je prešlo na državu. Preko zavisnih mitropolita moglo se utjecati na niže svećenstvo i narod. Time je Srpska pravoslavna crkva u Bosni i Hercegovini ušla u sferu utjecaja Austro-Ugarske.
Kako je Patrijarh bio plaćen Konventom, Zemaljska vlada u Sarajevu, a ne više Mitropolija, djelovala je kao predstavnik i zastupnik Pravoslavne crkve u BiH pri Vaseljenskoj patrijaršiji.
Već 1882. godine osnovano je sjemenište sa sjemeništem za sve bosansko-hercegovačke biskupije koje je do Prvog svjetskog rata djelovalo u Reljevu, a između dva svjetska rata u Sarajevu. Zgrada u kojoj se nalazi Bogoslovija u Reljevu građena je u periodu od 1883. do 1884. godine, na zemljištu koje je darovao mitropolit Sava Kosanović, a kao projektanti pojavljuju se arhitekti Johan Kelner i Josip Černi.
Metropolitanski konzistorij osnovala je Zemaljska vlada 13. kolovoza 1883. kao organ za crkvena pitanja i uz mitropolita najvišu vlast. Njegove članove – provjerene i lojalne svećenike – imenovala je i plaćala vlada, kojoj su oni bili isključivo odgovorni.
muslimanski otpor
Muslimanima u Bosni i Hercegovini posebno je smetalo miješanje Austro-Ugarske u njihove vjerske poslove, zbog čega je osnovan Pokret za vjersko-prosvjetnu autonomiju muslimana u Bosni i Hercegovini, čiji je muftija mostarski Fehmi ef. Jabić na čelu. Ovaj pokret je težio autonomiji i nezavisnosti bosanskih Muslimana u organiziranju njihovih vjerskih poslova i u upravljanju vakufskom imovinom i islamskim obrazovanjem. Pokret nastao u maju 1899. godine predstavlja prvi organizirani pokret muslimana i borbu za njihova kulturno-politička prava i vjersku i vakufsko-mearifsku autonomiju, koja je nakon desetogodišnje borbe okončana 15. aprila 1909. godine donošenjem Statut o samostalnoj upravi islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova u Bosni i Hercegovini. Austrougarskim izdavanjem ovog statuta prihvaćena je većina zahtjeva muslimana i konačno je priznata autonomija uređenja i organizacije islamskih pitanja i vakufsko-mearifskih poslova u Bosni i Hercegovini.
Prema autonomnom statutu, sredinom 1910. godine, inauguriran je treći po redu, a prvi izabrani reisu-l-ulema hfz. Sulejman ef. Šarac. Međutim, Zemaljska vlada ga je prisilila da podnese ostavku već 1912. godine, pa je jednoglasnom odlukom Hodžinske kurije za novog reisu-l-ulemu izabran Mehmed Džemaluddin ef. Čaušević, čiji je izbor potvrđen carskim ukazom 27. listopada 1913. godine. Bio je i posljednji reis koji je biran na osnovu autonomnog statuta i prvi reisu-l-ulema u Kraljevini Jugoslaviji.
